No existe vestigio alguno de asentamientos de origen maya en el territorio del municipio de Cacalchén "Pozo con dos bocas".
Después de la llegada de los españoles la población formó parte de la encomienda que perteneció a María Sánchez de Sosa.
En 1825, Cacalchén pasa a formar parte del partido de la costa, cuya cabecera es Izamal.
Durante la Guerra de Castas, en el mes de mayo de 1848, sirvió de refugio al coronel José del Carmen Bello después de que los rebeldes mayas los derrotaron en la toma de Izamal. En el mes de diciembre los guerrilleros mayas al mando de Jacinto Pat saquearon la población y dieron muerte a los pobladores blancos.
En el año de 1900 se convierte en cabecera municipal.
