La cabecera del municipio es el Pueblo de Mocochá. Además de la cabecera dentro de la jurisdicción municipal, quedan comprendidas tres localidades que son las exhaciendas Carolina, Tekat y Toóh. También se encuentran: Kumán, San Ignacio, Santa Isabel y los ranchos: Xluch, Xbená, Kinchén y el Porvenir.
Pese a que han sido hallados en la exhacienda Tekat, distante a un kilómetro de la hoy cabecera municipal, vestigios arqueológicos pertenecientes a la Provincia de Ceh Pech, no ha sido posible determinar si el sitio que ocupa el pueblo de Mocochá "Agua de Agujero" estuvo habitado en tiempos prehispánicos. Tampoco se ha podido precisar la fecha de su fundación por parte de los conquistadores, aunque hacia el año de 1649, en Mocochá se encontraba establecida una Encomienda a favor de Don Francisco, el hijo.
Declarada la independencia de Yucatán y su posterior incorporación al resto de la República Mexicana en 1821, Mocochá pasa a formar parte del partido de la Costa, cuya cabecera era Izamal.
Al crearse a mediados del siglo XIX el partido de Tixkokob, el pueblo de Mocochá quedó integrado a éste.
Mocochá se erige en cabecera del municipio del mismo nombre en 1918.
El exconvento y templo dedicado a la Purísima Concepción, cuya construcción probablemente se remonte hasta el siglo XVII, ejemplo clásico de la construcción religiosa colonial; destaca también la casa principal de la exhacienda Tekat, construida en el siglo XIX.
