La cabecera del municipio es Kantunil. Además de la cabecera, dentro de la jurisdicción municipal, queda comprendida la localidad de Holcá. También se encuentran San Diego, San Dimas, Santa María, Guadalupe, San Pedro, San Adrián y Sualahtún.
No existe vestigio alguno de asentamientos de origen maya en el territorio del municipio de Kantunil "Lugar de piedra preciosa", aunque se sabe que existe desde antes de la conquista.
En 1588, es la primera aparición de Kantunil en la historia escrita, en relación con el viaje a Yucatán de Fray Alonzo Ponce.
En 1825, Kantunil forma parte del partido de la Costa cuya cabecera es Izamal.
En 1910, tenía solamente dos pueblos, la cabecera y Holcá.
Arquitectónicos: En el municipio se localiza el templo de la Candelaria, construido en el siglo XVII.
Arqueológicos: Coloba, zona arqueológica de singular belleza.