La cabecera del municipio es Cuncunul. Dentro de la jurisdicción municipal quedan comprendidas, además de la cabecera, las siguientes localidades: Xakabchén, Chebalám, San Francisco, San Diego y San José.
Sobre la fundación de Cuncunul "Lugar de la olla encantada o maravillosa", cabecera del municipio del mismo nombre, se desconocen los datos exactos.
En la época prehispánica perteneció al cacicazgo de los Cupules y después al régimen de las Encomiendas entre las cuales se pueden mencionar la de don Fernando Maldonado, Francisco Vázquez Carrasco y Andrés de Vales en 1700; la de don Javier del Valle, Juan de Vergara y Bernardo Marcos Bermejo en 1722; y la de don Juan Calderón y Doña Beatriz Montiel y Cosgaya en 1785.
Su evolución comienza en 1821, cuando Yucatán se declara independiente de la Corona Española.
En 1846, Cuncunul forma parte del partido de Valladolid teniendo como cabecera a Uayma.
A partir de 1900 forma parte del municipio de Uayma.
En 1925, Uayma se erige municipio libre.