Las grutas de Loltún, son las más grandes y conocidas dentro del sistema de cavernas localizadas en la parte sur de Yucatán, y han sido acondicionadas para realizar con seguridad un recorrido de aproximadamente 1,000 metros de longitud en su interior por medio de iluminados senderos, donde el visitante puede conocer la historia natural y cultura del área maya del norte en un período que abarca más de 10,000 años, desde el Pleistoceno hasta la época contemporánea.

En las diversas salas, galerías y recámaras -a casi 60 m. de profundidad y a lo largo de más de 700 mts. de extensión- se han encontrado diversas piezas arqueológicas, cerámica, artefactos de piedra, conchas marinas, petroglifos, correspondientes a la cultura maya en sus distintas etapas de desarrollo. También se han hallado restos de fauna extinta, como huesos de mamut, bisonte y felino.

Del período Preclásico destaca el bajo relieve conocido como el Guerrero de Loltún, ubicado en la entrada Nahkab (colmena), que parece estar emergiendo de las grutas y que se cree es el dios del inframundo. En esta sala, los metates que sirvieron para moler granos vegetales atestiguan la actividad humana que cobijaron sus muros.

De los períodos Clásico y Postclásico se pueden observar una serie de elementos culturales como pinturas rupestres con motivos de manos, rostros, animales, grecas o inscripciones y una gran variedad de petroglifos entre los que resaltan los de motivos de flores, de las cuales toma su nombre el lugar. Del siglo XIX hay barricadas construidas por rebeldes mayas que se refugiaron en varias grutas de la región durante la llamada Guerra de Castas.

Asimismo, se pueden admirar las muchas otras formaciones de traventinos que, por sus sugestivas y caprichosas formas, la imaginación popular las ha bautizado con peculiares nombres como La Catedral, La Galería del Cañón, La Mazorca de Maíz, El Cuarto de las Estalactitas, etc. Destacan por ejemplo, el salón denominado Cuarto de las Columnatas Musicales, formado por la unión de estalactitas y estalagmitas que cuando se golpean producen sonidos con distintas tonalidades, o una galería con su bóveda desplomada, por cuya cavidad descienden las raíces de los árboles y los rayos del sol.

En una de sus cavidades, conocida como Huechil (del maya huech, armadillo), se realizaron excavaciones donde en sus niveles más bajos se hallaron restos de fauna extinta como huesos de mamut, de bisonte, y de un felino, que indican un período de clima frío y de vegetación distinta a la actual, característica de un ambiente cálido y húmedo. Encima de estos había un nivel en el que aparecieron herramientas de piedra producidas por los primeros habitantes de la península.

Estas grutas se encuentran situadas a 7 km. al suroeste de Oxkutzkab y a 24 km. al noroeste de las ruinas de Labná.