En general, las grutas se forman de manera semejante a los cenotes, pero en lugares donde el nivel freático es muy profundo, por lo que se conservan secas las cavidades formadas por las filtraciones, y los desprendimientos. Los depósitos de agua pueden originarse en ellas por el escurrimiento proveniente de las paredes y pueden no tener el agua al mismo nivel que los cenotes vecinos. El diámetro de las entradas comúnmente es menor que el de los cenotes. El agua se encuentra generalmente cerca de los márgenes laterales únicamente, pues las rocas que han caído de los techos abovedados han ido levantando el nivel del piso en el centro.