La cabecera del municipio es Seyé. Además de la cabecera, queda comprendida una localidad: Holactún. También se encuentran las siguientes rancherías: Mucchan, Panabá, San Bernardino, San Pedro, Xukú, Nohcham, Santa María, San Salvador, Xteché y las haciendas Verna, Xcehus, Macal y Santo Domingo.
Sobre la fundación de Seyé "Escalera pequeña", no hay datos exactos, aunque existe desde antes de la conquista. En la época prehispánica perteneció al cacicazgo de Hocabail-Homún.
Durante la colonia, bajo el régimen de encomienda estuvo a cargo de Alonso de Rojas (1579); Joaquín Gómez (1607); Antonio Gómez Pacheco (1647) y Pablo de Aguilar (1688).
En 1825, Seyé pasó a formar parte del partido de Beneficios Bajos, cuya cabecera era Sotuta.
