Se localiza entre los meridianos 88° 13’ y 88° 35’ de longitud oeste y los paralelos 21° 21’ y 21° 33’ de latitud norte. Limita al norte con Golfo de México, al sur con Panabá, al este con Río Lagartos y al oeste con Dzilam de Bravo.
En la pequeña playa conocida en lengua maya con el nombre de Actum Chuleb, según el relato oral más difundido, se fundó el puerto de San Felipe. Existen vestigios mayasque demuestran que el lugar fue poblado con anterioridad a la conquista española.
El 5 de febrero de 1853, al separarse de Panabá, el pueblo y puerto de San Felipe fue erigido municipio y pasó a pertenecer al partido de Tizimín.
El 12 de julio de 1935, por decreto (número 235) quedó integrado el municipio libre de San Felipe.