Es una peculiar zona arqueológica de monumentales construcciones, rodeada de milpas y densa vegetación. Estuvo comunicada con Chichén Itzá y Cobá a través de sacbés, por lo cual se piensa que pudo ser una frontera política. Alcanzó su máximo esplendor entre los años 900 y 600 a.C.

Las huellas encontradas en la zona revelan que la ciudad tuvo una agricultura intensa y que debió ser sostén para la numerosa población del norte peninsular, aunque después fuera abandonada y destruida mucho antes de la llegada de los españoles, alrededor del siglo X o XI.

Las recientes exploraciones arqueológicas empiezan a mostrar dos importantes momentos de la ocupación del sitio: en algunas subestructuras se han localizado sepulturas de sus más antiguos pobladores, anteriores al siglo V d.C. y contemporáneos a los de Oxkintok. En el Clásico Temprano o el Preclásico Tardío, bloques monolíticos fueron usados para las construcciones, pero es en el Clásico Terminal, cuando Yaxunah parece tener su máximo florecimiento.

Lugar negado para los itzáes que tuvieron que quedarse en Chichén Itzá; su escultura da significado a los espacios arquitectónicos y enlaza esta ciudad con los sitios del Puuc, principalmente con Kabáh: los diseños labrados en las piedras del zócalo sobre el que se levanta La Casa de la Reina nos recuerdan el mismo elemento del Codz Pop de Kabáh, lo mismo que el uso en los muros de los típicos junquillos con atadura del Puuc.

El paisaje que se contempla desde la cima del cerro conocido como La Casa Verde eleva al visitante a viajes de largo recorrido. Además de los edificios de la enorme Acrópolis, otras estructuras, como el Juego de Pelota, y grandes conjuntos arquitectónicos están siendo estudiados por arqueólogos para ofrecernos nueva información de la larga historia de Yaxunah.

También se localiza el cenote Lol-Ha, con una escalinata de piedra que permite el acceso a su boca.

Yaxunah se encuentra a 25 km. de Chichén Itzá y a 103 km. de Cobá.